As excelentes condições naturais do porto possibilitam  a  existência de uma grande variedade de embarcações fluviais para o processo de transferência de cargas entre os navios e as margens ou entre margens.

O transporte fluvial é, hoje em dia e em especial nos países do centro da Europa, um modo de transporte de grande importância, inserido no sistema global e integrado de transporte e logística.

Consciente dessa realidade e procurando novas e melhores formas de potenciar a atividade portuária, é intenção da APL colaborar e apoiar no desenvolvimento de projetos que visem a dinamização do tráfego fluvial de mercadorias no estuário do Tejo aproveitando, para o efeito, as suas condições únicas de navegabilidade bem como as vantagens competitivas que daqui poderão advir, em termos de economia geral na cadeia logística, para além de benefícios em termos ambientais e energéticos.

A aposta neste tipo de tráfego irá induzir um incremento da intermodalidade, inclusivamente por via da instalação de novas Plataformas Logísticas na área metropolitana de Lisboa, permitindo que o aumento da atividade portuária em Lisboa não provoque impactes sociais e ambientais significativos sobre a cidade.