As condições de navegabilidade e segurança oferecidas pelo estuário do Tejo favoreceram, desde sempre, a presença humana na área. Os vestígios mais antigos dessa presença datam da pré-história. Os historiadores acreditam que os Fenícios, no séc. XII a.C., reconheceram os méritos da localização de Lisboa e estabeleceram um porto comercial na Margem Norte do rio Tejo. A importância estratégica de Lisboa não terá escapado ao conhecimento de outras nações de marinheiros e exploradores, o que em 205 a.C., terá motivado a conquista da cidade pelos Romanos e seu batismo como Olisipo que recebeu o epíteto de “Felicitas Iulia”. 

Com a queda do Império Romano, seguiram-se os Suevos e os Visigodos que controlaram a cidade desde 472 d.C. Os Mouros tomaram Lisboa – Asch-Bonnah – em 714 d.C. e desenvolveram o porto através das suas actividades comerciais mediterrânicas e atlânticas. No séc. XI o processo de reorganização interna da Europa conhece novo rumo e, com o desenvolvimento das cruzadas, o tráfego e o comércio marítimo sofreram consideráveis acréscimos. 

D. Afonso Henriques, ter-se-á apercebido da importância estratégica da cidade de Lisboa no contexto internacional, dirigiu os seus movimentos de expansão para sul, com vista a estabelecer uma zona de influência portuguesa ao longo da costa conseguindo garantir o apoio das cruzadas para a conquista da cidade de Lisboa, fundamental para o domínio do estuário do Tejo, porto natural de grandes dimensões que melhoraria em muito a importância do território neste contexto europeu. 

Assim, a 28 de junho de 1147 entra no Tejo uma frota com 164 navios transportando um exército de 13.000 cruzados. Tendo desempenhado um papel fundamental na conquista da cidade de Lisboa aos mouros e, posteriormente, na defesa da nacionalidade, o porto está estreitamente ligado à cidade que com ele nasceu e prosperou. 

No início do séc. XIII os métodos de navegação evoluíram bastante, com a utilização da bússola como auxiliar da navegação e a introdução do leme de cadaste, trazendo mais estabilidade e maneabilidade às embarcações. Construíram-se navios de maior dimensão e maior capacidade de carga. 

Quando surgiram, no primeiro quartel do séc. XIII, as primeiras linhas regulares do Mediterrâneo para Inglaterra e Norte da Europa, pelo Estreito de Gibraltar, Lisboa tornou-se escala obrigatória para todos os navios em trânsito pela costa portuguesa. Usufruindo de uma situação geográfica invejável, o porto de Lisboa facilmente se inseriu nas rotas marítimas internacionais. Depois de ter desempenhado um papel fundamental na defesa da nacionalidade, no início da 2ª Dinastia, – quando 13 galés e 40 naus castelhanas tentaram sem êxito, fechar o porto durante o cerco de 1384 – Lisboa, com o seu porto, afirmou-se por mais de uma vez como garante político e militar da independência nacional, depois de ter contribuído decisivamente para a própria formação do país. 

Estabelecida a paz, o reinado de D. João I assistiu ao início da caminhada para a abertura de novos mundos e de novos mercados, a partir de Lisboa, que era considerada já uma grande metrópole cosmopolita, visitada por embarcações de variadíssimas origens. Os marinheiros que se fizeram ao mar partindo de Lisboa desempenharam um papel fundamental na época dos descobrimentos portugueses, aumentando as fronteiras do mundo conhecido e transformando Lisboa num porto chave para o comércio global. Os navegadores Portugueses desafiaram a crença profundamente enraizada na Europa de então - de que a terra era plana - conseguindo contrariá-la realizando as viagens que uniram os continentes pela primeira vez. Em 1487 Bartolomeu Dias ultrapassou o Cabo da Boa Esperança. 

Em 1497 Vasco da Gama fez-se ao mar partindo de Lisboa e regressando dois anos mais tarde, depois de ter descoberto o caminho marítimo para a Índia. Estas e outras viagens posteriores ajudaram a fazer de Lisboa uma cidade rica e colocaram Portugal em evidência no Mundo. De notar que foi nesta época que se reforçou a segurança e a vigilância da entrada do estuário do Tejo com a construção de fortalezas: na margem esquerda do Tejo, foram erguidas fortificações desde Cabeça Seca (Bugio), até Almada. 

No século XVI e XVII, o comércio luso-espanhol teve grande desenvolvimento – domínio espanhol de 1580 a 1640 – foram realizadas obras de desassoreamento no rio Tejo. O porto de Lisboa tem importância fundamental como porto de escala, com a navegação a dirigir-se para o Mediterrâneo e Oceano Atlântico, e o desembarque, em Lisboa, dos produtos do Brasil – madeiras, açúcar e ouro de minas Gerais. 

Com a ocorrência do terramoto de 1755 foram destruídas várias construções, como o Palácio da Ribeira, onde residiu D. João II, e no piso inferior, a Casa da Índia. Com a reconstrução de Lisboa, sucedeu ao Terreiro do Paço a Praça do Comércio, tendo a reedificação da cidade sido planeada de acordo com o desenvolvimento do comércio. 

No século XIX, os desenvolvimentos trazidos pela Revolução Industrial impuseram novas necessidades, entre elas a modernização do porto de Lisboa; sucederam-se estudos e projetos que culminaram com a inauguração, a 31 de outubro de 1887, por D. Luís I, das grandes obras do porto de Lisboa.